سومین مرحله از زندگی امام مهدی علیه السلام  را دوران غیبت دراز مدت تشکیل می دهد که این دوره پس از سپری شدن غیبت صغری آغاز شد و تاکنون ادامه یافته و به امر خداوند تا هنگام حصول اقتضای تام یعنی آن زمان که زمینه ی پذیرش رهبری و حکومت جهانی آن  حضرت از نظر عدّه و عُدّه فراهم شود، ادامه خواهد یافت.

لازم به توضیح مختصر است همانگونه که غیبت به دو مرحله تقسیم می شد و به دوگونه بود، نیابت نیز همین گونه است. یعنی دارای دو مرحله و دوگونه است. نیابت خاصه در زمان غیبت صغری و نیابت عامه در زمان غیبت کبری. در نیابت خاصّه امام علیه السلام  اشخاص معینی را نائب خود قرار داده بودند که به اسم و رسم آن را معرفی نموده و هر کدام را به وسیله ی نائب پیش از دیگری به مردم شناسانده بودند.

در نیابت عامّه بر اساس یک ضابطه ی کلی و معین که امام خود به دست داده بودند هر فردی که آن ضابطه را از همه جهت و در همه ی ابعاد داشته باشد، نائب امام زمان  علیه السلام  شناخته می شود و به نیابت از امام، ولی جامعه در امر دین و دنیا خواهد بود.[1]

این مقام و این نیابت به وسیله ی خود حضرت مهدی علیه السلام  به عالمان واجد شرایط تفویض شده است.

شیخ طوسی، شیخ صدوق و شیخ طبرسی از اسحاق بن عمار نقل کرده اند که مولای ما حضرت مهدی علیه السلام  در مورد وظیفه شیعیان در دوران غیبت فرموده اند:

« و امّا الحوادثُ الواقعه فارجِعُوا فیها إلی رُواةِ حدیثنا فانُّهم حُجَّتی علیکم و أنا حُجَّةُ اللهِ علیهِم.»

طبرسی در کتاب احتجاج نیز از امام صادق علیه السلام  نقل کرده است که آن حضرت ضمن حدیثی فرمودند: وامّا مَن کانَ مِنَ الفقهاء صائناً لنفسه، حافظاً لدینه، مخالفاً لهواه مطیعاً لِأمر مولاه فلِلعوام أن یُقَلِّدُوه. هریک از فقها که مراقب نفسش، نگهبان دینش، مخالف هوی و هوسش و مطیع فرمان مولایش (یعنی ائمه «علیهم السلام»  ) باشد بر عوام لازم است از او تقلید کنند.

منصب فتوی، قضاوت و حکم برای فقیهان از پیش از این توسط ائمه «علیهم السلام»  جعل شده بود ولی رسمیت و مرجعیت و زعامت فقهای اسلام از این تاریخ پدید آمد و تا ظهور آن حضرت ادامه خواد داشت.[2]